În 2005, gările și stațiile auto din subordinea Ministerului Transporturilor şi Gospodăriei Drumurilor au fost reorganizate prin fuziune (contopire) în Întreprinderea de Stat „Gările şi Staţiile auto”. Noua structură creată a fost înregistrată la 22 iunie 2006 și şi-a început activitatea la 1 iulie a aceluiași an. Astăzi întreprinderea activează în subordinea Ministerului Transporturilor și Infrastructurii Drumurilor.În subordinea întreprinderii „Gările şi Staţiile auto” intră 29 filiale (gări şi staţii auto) şi 13 puncte de casă amplasate pe teritoriul republicii.

Capitalul statutar al întreprinderii constituie 22 732 633 lei. Administratorul întreprinderii este Ștefan Vieru. Unul dintre foștii directori ai Î.S. „Gări și Stații auto”, Vladislav Zara este astăzi șef la Agenția Medicamentului.

La alegerile locale din 2015, 2 angajați ai întreprinderii au fost pe lista Partidului Democrat pentru funcțiile de consilier în Consiliul Municipal Chișinău: Sergiu Popovici (jurist și adjunct al administratorului – nr.43) și Iurie Moroz (economist-contabil și adjunct al administratorului – nr. 54).

Principalul gen de activitate al Î.S. „GSA” îl reprezintă comercializarea biletelor de călătorie, care constituie 78,6% în totalul vânzărilor. Totuși, persoane din cadrul întreprinderii, în complicitate cu un agent economic din Soroca au găsit scheme prin care comercializau și bilete inexistente. Aflată pe locul 34 în lista marilor contribuabili la bugetul de stat în 2015, ÎS GSA se pare că va intra și în lista întreprinderilor care au prejudiciat cel mai mult bugetul de stat.

Pe 14 iulie 2016, CNA a anunțat că 3 persoane publice dincadrul ÎS GSA și agentul economic, sunt bănuite de delapidarea averii străine prin prejudicierea întreprinderii de stat cu peste 4 mln de lei. Comparând, prejudiciul constatat de CNA este echivalent profitului net obținut de întreprindere în 2015 (cca 4,54 mln lei).

În cadrul urmăririi penale s-a stabilit că, între anii 2010 – 2016, funcţionari ai ÎS „Gările şi Staţiile Auto”, împreună cu factori de decizie din cadrul unei firme de transport, au introdus în programele informaționale date eronate despre vînzarea unor bilete inexistente, banii (cca 4, 5 milioane de lei), fiind  transferați în conturile bancare ale agentului economic din Soroca.

Schema cu biletele inexistente nu a fost prima schemă frauduloasă din cadrul întreprinderii. În 2009, presa scria că timp de aproape 2 ani, ÎS GSA a prejudiciat pasagerii curselor internaționale, aplicând un comision de 4% la vânzarea biletelor. Shema fusese deconspirată de Agenția pentru protecția concurenței (actualul Consiliu al Concurenței.). Agentul economic care s-a făcut vinovat de aplicarea acestui comision motiva această taxă suplimentară prin faptul că, comercializarea biletelor la cursele internaționale se realizează prin „programul computerizat unic de vânzare a biletelor de călătorie” care,  implica cheltuieli umane și  materiale. Comisionul respectiv a fost nejustificat și urma, la cererea fostei Agenții de Transporturi să  fie anulat, dar administrația întreprinderii nu s-a conformat și a continuat să-l perceapă. Ulterior, anularea încasării comisionului a fost aprobată de Agenția pentru protecția Concurenței.

Doi ani mai târziu, întreprinderea a ajuns din nou în vizorul Agenției pentru protecția concurenței, care a stabilit că, GSA continuă să abuzeze de poziția sa dominantă pe piață în defavoarea clienților.  Serviciile prestate de ÎS GSA, ca și în cazul ÎS Calea Ferată nu sunt concurente. Astfel, instituția de protecție a concurenței, menționa în 2011 despre faptul că GSA percepe ilegal taxe pentru comercializarea biletelor înainte de cursă (3 lei pentru cursele naționale și 3% pentru cele internaționale), taxe de intrare pe teritoriul gărilor a transporturilor personale (5 lei, practică aplicată și în prezent), taxe pentru parcarea transportului pe teritoriul gărilor (10 lei). Și de această dată Agenția Concurenței a solicitat anularea acestor perceperi ilegale de bani, aplicând întreprinderii o amendă de 700 mii lei (echivalentul veniturilor ilegale ale întreprinderii în 2010). Atunci, investigația în privința întreprinderii fusese pornită de Agenția concurenței la solicitarea lui Vlad Plahotniuc, care la acel moment era vice-speaker al Parlamentului.

Și în 2008, întreprinderea s-a aflat în vizorul presei. ZDG scria atunci despre faptul că mulți dintre pasagerii rutelor interne, călătoresc fără bilet, iar astfel, ÎS “Gările şi Sta­ţi­ile Auto” pierde anual zeci de mii de lei. În acest caz, vinovați se fac șoferii, care permit sau chiar solicită pasagerilor să nu cumpere bilete. Aceasta este o practică actuală și astăzi.