În perioada 1996-2001, Pahomi a activat în cadrul Comisiei Naţionale a Valorilor Mobiliare (actuala Comisie Națională a Pieței Financiare), unde a condus Departamentul Supraveghere, Control şi Anchetă, fiind demisă în 2001 pentru încălcarea legislaţiei şi executarea inadecvată a atribuţiilor de serviciu. Ulterior, Pahomi a contestat Hotărârea CCRM, prin care s-a dispus demiterea ei.

De la 1 octombrie 2010, Stela Pahomi a fost angajată în calitate de analist și consultant financiar la Registru-Corect, devenind ulterior proprietară a acesteia. Tot prin intermediul acestei companii, Pahomi împreună cu alți complici a organizat o schemă de deposedare de acțiuni a 75 de acționari  ai BC Moldova Agroindbank.

În ultimii 4-5 ani, Pahomi a fost preşedinte al Consiliului de Administraţie al companiilor de asigurări Asito-Capital din România şi Moldasig din Moldova, iar anul trecut ea a fost aleasă membră a Consiliului de Administraţie al MAIB. Inițial, candidatura ei în CA la Agroindbank nu a fost susținută de BNM, decizia băncii centrale fiind contestată de Pahomi în instanță. Totuși, pe 17 ianuarie 2015, femeia a obținut statutul de membru al MAIB, chiar dacă a fost aleasă în această funcţie încă pe 22 octombrie 2013.

În cadrul Consiliului de Administrare al MAIB, Pahomi a reprezentat interesele a 22 de companii, printre care companii conectate la omul de afaceri Veaceslav Platon. În martie 2016, BNM a stabilit că aceste companii au acționat concertat la preluarea unui pachet de 39,6% din acțiunile MAIB.

La finele lunii martie a acestui an, Stela Pahomi a fost arestată, fiind acuzată de organizare şi instigare la dobândirea ilicită a bunurilor altei persoane prin înşelăciune sau abuz de încredere, cu cauzarea de daune în proporţii deosebit de mari, dar şi pe faptul spălării banilor în proporţii deosebit de mari. Potrivit Codului Penal, aceasta riscă până la 15 ani de închisoare. În același dosar a fost acuzat și fratele acesteia, Alexandru Grumeza.

Pahomi a vrut să încerce și cariera politică. La alegerile parlamentare din 30 noiembrie 2014, aceasta a fost inclusă în lista candidaţilor la funcţia de deputat în Parlamentul Republicii Moldova din partea Partidului Popular din Republica Moldova, cu nr. 59.